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II類安全櫃（BSC）使用HEPA過濾，層流氣流，以提供操作者，環境和樣品的保護。出於無菌的目的，對於0.3微米大小的顆粒，HEPA過濾器的效率通常為99.99 +％。
典型的微程序通常利用本生燃燒器或其他明火來消毒和/或減少交叉污染; 但是，由於以下幾個原因，不建議在BSC內使用這種明火：
II類BSC 通過在機櫃的工作區域上傳遞向下層流氣流（以恆定速度單向行進的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護。熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產生湍流並阻礙BSC保護工作區域樣品的能力。
如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過濾介質保持在其框架上。這破壞了HEPA過濾器的有效性，導致正壓通風系統中的安全殼損失。
如果火焰熄滅並且供氣閥保持打開，則可燃氣體將不受限制地引入機櫃。在A2安全櫃中，BSC中70％的空氣被再循環（見下面的視頻），可燃氣體的濃度可能達到爆炸性潛力，不僅對BSC，而且對用戶和實驗室構成嚴重風險它佔據了。
美國疾病控制和預防中心（CDC）和國家衛生研究院（NIH）也在出版物中闡述了這一點：微和醫學實驗室的安全，第5版。，（BMBL 5th）。
在BSC中工作時，可以採取一些措施來減少材料交叉污染的可能性。打開的管子或瓶子不應垂直放置。使用培養皿和組織培養板的研究人員應將蓋子保持在開放的無菌表面上方，以大限度地減少向下空氣的直接衝擊。不應將瓶蓋或管帽放在毛巾上。物品應儘快重新蓋上或蓋好。 在安全櫃的近乎無微的環境中不需要明火。在開放式工作枱上，燃燒培養容器的頸部將產生向上的氣流，防止微落入管或燒瓶中。然而，BSC中的明火產生湍流，破壞了供應到工作表面的HEPA過濾空氣的模式。當認為必要時，可以使用配備有指示燈以按需提供火焰的觸摸板微型燃燒器。內部機櫃空氣擾動和熱量積累將小化。工作完成後必須關閉燃燒器。小型電動“爐”可用於淨化細菌環和針，並且優於BSC內的明火。應儘可能使用一次性或可回收的無菌環。
如上面CDC所述，如果認為需要火焰，那麼廣泛使用的設備類型是本生燈的更安全的替代品。其中一些採用低調的踏板減弱火焰; 其他人檢測運動。
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